In haar huidige vorm is de Vrije Basisschool, Sint-Margrietstraat 33 te Gent het resultaat van een fusie in de jaren zeventig en tachtig van verschillende schooltjes en vestigingsplaatsen.

Oorspronkelijk was de huidige hoofdschool in de Sint-Margrietstraat een meisjesschool van de Zusters van Liefde. Even verder in de straat was er de jongensschool van de Paters Augustijnen. In 1976 werden deze beide scholen samengevoegd tot een gemengde basisschool.

Aanvankelijk bleven beide vestigingsplaatsen behouden: bij de zusters de kleuters en de eerste drie leerjaren lager onderwijs, bij de paters het vierde, vijfde en zesde leerjaar. In 1982 werd de vestigingsplaats bij de Paters Augustijnen echter opgegeven. Op het ruime domein van de Zusters van Liefde werden nieuwe kleuterklassen ingericht en verhuisden alle klassen lager onderwijs naar de Sint-Margrietstraat 33.

Ondertussen had de Inrichtende Macht in 1978 ook de Parochieschool Sint-Antonius, Zalmstraat 2 te Gent overgenomen. Deze voormalige parochieschool, gesticht in 1902, telde toen en ook nu nog steeds twee kleuterklassen en drie graadsklassen lager onderwijs. In 1984 tenslotte volgde de overname van de kleuterschool op de parochie Maria Goretti aan de Blaisantvest 37 te Gent. Op het ogenblik van de overname telde deze kleuterschool nog amper 35 kleuters. Momenteel is dit opnieuw een bloeiende vestigingsplaats met elk schooljaar rond de vijftig ingeschreven kleuters.

In de loop der jaren zijn deze drie vestigingsplaatsen uitgegroeid tot een goed samenhangend en samenwerkend geheel. Dit kon omdat deze vestigingsplaatsen niet enkel via de achtereenvolgende fusies tot elkaar gebracht werden, maar ook en vooral omdat deze scholen in hun voorgeschiedenis een aantal gemeenschappelijke kenmerken vertoonden. Het zijn namelijk steeds scholen geweest die gelegen waren in de traditionele volksbuurten van Gent. Het publiek dat deze scholen bezocht waren dan ook steeds de buurtkinderen uit de onmiddellijke omgeving van de school. Toen eind jaren zestig, maar vooral begin jaren zeventig, de populatie van deze buurten grondig veranderde door de komst van grote groepen migranten, veranderde ook de populatie van deze scholen.

Steeds meer kinderen van deze migranten kwamen op de schoolbanken terecht. Ondanks alle inspanningen die de school leverde had dit een "witte vlucht" tot gevolg. Steeds meer Vlaamse ouders trokken hun kinderen weg zodat vanaf eind jaren zeventig hoofdzakelijk kinderen van buitenlandse afkomst de school bezochten. Deze verscheidenheid van nationaliteiten zette de school en de leerkrachten er toe aan om heel bewust onderwijs in te richten. Tegemoet komen aan de noden en behoeften van ieder kind werd en is nog steeds een prioriteit.

Sinds 2005 doet zich opnieuw een kanteling voor in onze schoolpopulatie. Via de buurt –en projectwerking maken we onze school zichtbaar binnen de stad! Hierdoor komen ook opnieuw Vlaamse gezinnen onze school bezoeken. Dit stemt ons bijzonder gelukkig omdat we er in geloven dat gezinnen, en dus ook hun kinderen, met verschillende achtergronden elkaar heel wat te bieden hebben!